Η πόλη  και η ευρύτερη περιοχή των  Γιαννιτσών κατοικείται από τα τέλη της  7^ης– αρχές 6^ης  χιλιετίας. Οι αρχαιολογικές ανασκαφές έφεραν στο φως πολλούς νεολιθικούς οικισμούς, από τους αρχαιότερους της Ευρώπης, χτισμένους σε θέσεις στρατηγικής σημασίας, ανάμεσα στην πεδιάδα και στο Πάϊκο, στα σταυροδρόμια των βασικών οδικών αξόνων των Βαλκανίων. Από την εποχή του Χαλκού  έως τα υστεροβυζαντινά χρόνια η ζωή στους οικισμούς είναι συνεχής. Στα χρόνια του Μακεδονικού κράτους η σημαντικότερη κώμη της Πέλλας ήταν ο οικισμός του Αρχοντικού.

          Ο οικισμός, στην περιοχή « Παλαιά Αγορά»,βόρεια της Εγνατίας από τα στρώματα κατοίκησης φαίνεται ότι  κατοικείτο συνεχώς όλα αυτά τα χρόνια και πιθανότατα ο βυζαντινός οικισμός  ονομαζόταν «Βαρδάρι». Η πρώτη αναφορά σ’ αυτόν γίνεται από τον Εβλιγιά Τσελεμπή, περιηγητή του 17^ου αιώνα, που πέρασε από τα Γιαννιτσά γύρω στο 1650.                                                                              

 Ο Εβλιγιά Τσελεμπή θεωρεί ιδρυτές της πόλης δύο μυθικούς βασιλιάδες, τον Bikari  και τον Virbene. Το όνομα του δεύτερου μάλιστα σχετίζεται με την ονομασία των Γενιτσών, «Κοιλάδα του Verebiye», που ασφαλώς είναι φθαρμένη γραφή της λέξης Virbene. Ο κάθε βασιλιάς  κατασκεύασε ένα κάστρο, το οποίο μεταβιβάστηκε σε πολλούς βασιλιάδες μέχρι το 764 της Εγίρας ( 1362-63), όταν η πόλη κατελήφθη από τον Γαζή  Αχμέτ  Εβρενός  Μπέη και οι Τούρκοι γκρέμισαν τα κάστρα, για να μην τα διεκδικήσουν οι Ρωμιοί. Αυτή η χρονολογία κατάληψης αμφισβητείται, ενώ πιθανολογείται ότι η πόλη κατελήφθη από τους Οθωμανούς γύρω στο  1385. Υπέρ της  άποψης αυτής συνηγορεί η κατασκευή των  λουτρών του Εβρενός ,που τοποθετείται χρονικά ανάμεσα στο 1380-1390  και είναι το παλαιότερο μνημείο της πόλης.

Τα Γιαννιτσά ως πόλη αναφέρονται για πρώτη φορά το 1430 από τον ιστορικό, Ιωάννη Αναγνώστη που μας δίνει την πληροφορία πως ο Σουλτάνος, Μουράτ ο Β μετέφερε χίλιες οικογένειες από τα Γιαννιτσά, όταν κατέκτησε τη Θεσ/νίκη, που είχε ερημώσει.

Η ιστορία λοιπόν των Γιαννιτσών, ως ενιαία πόλη, ξεκινά με την Τουρκοκρατία και είναι καταχωρημένη στο αυτοκρατορικό κτηματολόγιο ως Yenije –i  Vardar   ή  Vardar Yenijesi. Στα τουρκικά, η λέξη  yeni σημαίνει νέος - καινούργιος και η κατάληξη (-ce) τόπος, άρα το Γενιτζέ Βαρδάρ ήταν ο νέα πόλη του Γαζή Εβρενός, έδρα ζεαμετίου, που ανήκε στο σαντζάκι της  Θεσ/νίκης, στο εγιαλέτι της Ρούμελης.

Στην περίοδο της Τουρκοκρατίας υπήρξε σημαντικό στρατιωτικό και καλλιτεχνικό  κέντρο των Οθωμανών, αφού  ήταν η κατ’ εξοχήν πόλη των Γαζήδων (ghazis- πολεμιστής της Πίστης), που ακολούθησαν  τον Γαζή Εβρενός στην κατάκτηση της Μακεδονίας και της Θράκης. Αργότερα για τους φανατικούς Γιουρούκους  ήταν ιερή πόλη, γιατί σ’ αυτήν θάφτηκε ο μεγάλος Πολέμαρχος Γαζή Εβρενός σε μεγαλοπρεπές Μαυσωλείο  και ο σεβαστός τους  Σεΐχης Ιλαχή. Λόγω της στρατηγικής της θέσης, ανάμεσα στο βουνό Πάϊκο, στη λίμνη των Γιαννιτσών και στο δρόμο Θεσ/νίκης- Μοναστηρίου, οι Τούρκοι διατηρούσαν σημαντικές στρατιωτικές δυνάμεις.

            Οι Βούλγαροι Κομιτατζήδες, εντοπίζοντας  το στρατηγικό χαρακτήρα της περιοχής, μετά την αποτυχημένη εξέγερση του Ίλιντεν το 1903, έστειλαν ένοπλα σώματα και έθεσαν υπό τον έλεγχό τους τα κυριότερα περάσματά της. Την ίδια επισήμανση έκανε έγκαιρα και το Γενικό Προξενείο της Θες/νίκης, του οποίου επικεφαλής ήταν ο Λάμπρος Κορομηλάς. Από το φθινόπωρο του 1904 ο Μακεδονικός αγώνας μεταφέρθηκε σταδιακά στη λίμνη. Πολλοί Γιαννιτσώτες εντάχτηκαν στα ελληνικά ανταρτικά σώματα και πολέμησαν ή πρόσφεραν τις υπηρεσίες τους ως οδηγοί, μεταφορείς και πράκτορες των καπεταναίων της λίμνης.  Πρωταγωνιστικό ρόλο έπαιξε ο Γκόνος Γιώτας,«το στοιχειό της λίμνης»,που παρέμεινε στο βάλτο από το 1904-1908, ως συνδετικός κρίκος όλων των αρχηγών και οδηγός των επικίνδυνων περασμάτων.

Η πόλη απελευθερώθηκε στις 20 Οκτωβρίου 1912, από τον ελληνικό στρατό. Η μάχη των Γιαννιτσών ήταν η σπουδαιότερη του Α Βαλκανικού πολέμου, που άνοιξε το δρόμο για την απελευθέρωση της Θες/νίκης. Ήταν μια μάχη φονικότατη και για τις δύο πλευρές. Όταν ο ελληνικός στρατός με επικεφαλής το βασιλιά Κωνσταντίνο προήλασε στην πόλη, οι τουρκικές συνοικίες παραδόθηκαν στις φλόγες, γι’ αυτό διασώθηκαν λιγοστά  Οθωμανικά  μνημεία.

Από το 1914 η πόλη άρχισε να δέχεται πρόσφυγες. Οι πρώτοι που  ήρθαν, ήταν από τη Στράντζα και τη Μάδυτο, ενώ ακολούθησαν πρόσφυγες από την Ανατολική Θράκη, την Ανατολική Ρωμυλία, τον Πόντο και την Καππαδοκία. Λόγω του αποδεκατισμού του πληθυσμού  από την ελονοσία και της επιτακτικής ανάγκης για αποκατάσταση των προσφύγων, το Ελληνικό κράτος αποφάσισε  την αποξήρανση της λίμνης και το 1927 υπέγραψε Συμφωνία με την αμερικανική εταιρεία «Foundation Company», που  ανέλαβε να πραγματοποιήσει το μεγαλόπνοο, για την ευρύτερη περιοχή, έργο. Το  1928  ξεκίνησαν τα έργα και το 1936 μοιράστηκαν σε ακτήμονες 288.750 στρέμματα εύφορης γης. Κλήρους πήραν  και 6854 αγροτικές, προσφυγικές οικογένειες, Η αποξήρανση της λίμνης σηματοδότησε την οικονομία της περιοχής, η οποία παρέμεινε αγροτική( κύριες καλλιέργειες δημητριακά, καπνά και βαμβάκι)

Η συμμετοχή της πόλης στο δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο ήταν ουσιαστική. Πάνω από 400 εθελοντές αντάρτες κατατάχτηκαν στον ΕΛΑΣ και συμμετείχαν στην Αντίσταση κατά των Γερμανών, ενώ περίπου 200 Γιαννιτσώτες σκοτώθηκαν. Το μεγαλύτερο «φόρο αίματος» τον έδωσε η πόλη, στις 14 Σεπτεμβρίου 1944, λίγο πριν την απελευθέρωση. Οι Γερμανοί και οι συνεργάτες τους (ταγματασφαλίτες), με επικεφαλής το Γερμανό στρατιωτικό  Σούμπερτ εκτέλεσαν περίπου 114 πολίτες.  Ανάμεσα στους νεκρούς ο Δήμαρχος, Θωμάς Μαγκριώτης,  πολλοί Δημοτικοί Σύμβουλοι και  δημοτικοί υπάλληλοι, οι αδελφοί Παπαϊωάννου και Παπαδοπούλου.

Στα μεταπολεμικά χρόνια, αν και η μετανάστευση ήταν μεγάλη, η πόλη αυξήθηκε πληθυσμιακά, διατηρώντας πάντα τον αγροτικό χαρακτήρα της. Σήμερα είναι μια σύγχρονη πόλη, η μεγαλύτερη του Νομού Πέλλας.